최제우는 포덕 4년 째인 1864년 12월 10일 조정의 선전관 정운구의 지휘 아래 중앙관졸과 경주부졸 30여 명에 의해 체포되었다. 41세 때이다. 조정에서 그에게 씌운 죄목은 유학 즉 공자의 학(學)을 문란시킨 사문난적과, 서학이라는 사술로 어리석은 백성들을 기망하였다는 것이다.
사문난적은 동학이 성리학을 국교로 삼아온 조선의 '국책위반'이라 치더라도, 서학은 얼토당토 않는 죄목이었다. 서학에 맞서고자 창도한 동학을 서학으로 치죄하는 것은 억지였다. 가톨릭 신부의 견해이다.
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